放送日：2010年10月20日～2011年3月9日
第01話「顔のない男」
2010年10月20日放送
人気女流作家の水元湘子の遺体が自宅で発見された。第一発見者は夫の吉野（近江谷太朗）。文学賞の楯やトロフィー、生原稿がなくなっていたことから熱狂的ファンの川芝が浮上。しかし右京（水谷豊）は最近の資料ファイルがないことに疑問を抱く。また恋愛小説を書く湘子が最近なぜか商社マンの笠井を取材していたことが判明。さっそく商社へ向かう右京だが…。さらに右京がある推理に基づき夫の吉野を追及すると意外な真相が暴かれる！未だ見つからない肝心の資料ファイルの行方を追う右京と尊（及川光博）。そんな彼らを尻目に先回りする謎の男（徳重聡）の姿…。
湘子は生前、何を書こうとしていたのか？ 謎の男は何者でその目的は何なのか？ゲスト:徳重聡、津嘉山正種、近江谷太朗
相棒Season09 第01話「顔のない男」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0001/
第02話「顔のない男～贖罪」
2010年10月27日放送
自宅で死亡した人気作家・湘子のアシスタント・岡崎が自宅マンションの屋上から転落死。屋上で見かけた男を逃した右京（水谷豊）と尊（及川光博）は岡崎の部屋で湘子から宅配便で何かが送られてきたことを知る。逃げた男の狙いは宅配便で送られてきた“何か”だったのではないか。さらに部屋から湘子が取材していた商社マンの笠井らが写った写真を発見して…。屋上から元SAT隊員の上遠野（徳重聡）の指紋が検出された。元SATの上遠野なら、岡崎も湘子も自殺に見せかけ殺害する能力はある。が、その動機が見えてこない。そんな折、写真の分析を終えた米沢（六角精児）から意外な情報がもたらされ…。
ゲスト:徳重聡、津嘉山正種
相棒Season09 第02話「顔のない男～贖罪」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0002/
第03話「最後のアトリエ」
2010年11月10日放送
イベント運営会社社長・三木の他殺体がオフィスで発見された。現場に落ちていた書籍の新刊案内に目を留めた右京（水谷豊）は、夭折した天才画家・有吉比登治の生涯を描いた小説本から落ちたのではないか、と推測。調べると、三木の会社は有吉の回顧展を請け負っていた。その回顧展では有吉が死の直前に引き裂いた最後の作品『晩鐘』も展示されるという。三木のオフィスを訪ねた右京と尊（及川光博）は、有吉の友人だった榊（米倉斉加年）という老人と出会う。回顧展に提供した有吉の手紙を自ら確認する榊、その作業を見た右京と尊はささやかな疑問を抱く…。
一点の名画に秘められた殺人事件の謎に右京と尊が挑む！ゲスト:米倉斉加年
相棒Season09 第03話「最後のアトリエ」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0003/
第04話「過渡期」
2010年11月17日放送
世界を放浪していた立松という男がホテルの非常階段から転落死した。立松の祖母は15年前に殺害されており、時効撤廃がなければ2、3日後には時効が成立していた。海外にいた立松は時効撤廃を知らずに、時効に合わせて帰国した可能性もある。右京（水谷豊）と尊（及川光博）はいまだに事件を捜査している総務課の猪瀬（螢雪次朗）から話を聞く。が、鑑識係の丸山（新井康弘）ともども歯切れが悪い。その後、特命係にやってきた猪瀬は、立松から時効について聞かれたことを明らかにする。事件を執拗に追い続けた猪瀬は苦い過去を抱えているらしい…。その過去とは？立松の狙いは？右京と尊が15年前から転落死へと絡み合う謎をひも解いていく。
ゲスト:螢雪次朗、新井康弘
相棒Season09 第04話「過渡期」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0004/
第05話「運命の女性」
2010年11月24日放送
惚れっぽい陣川（原田龍二）がひょんなことから知り合った奈緒（京野ことみ）と食事をしていたころ、空き巣に入られてしまった。犯人は鍵を使って部屋に入ったようだが、右京（水谷豊）は陣川が「落とした」という鍵は何者かが空き巣目的で盗んだのではないか、と推理。しかも陣川は前日に駅前に結婚式の引き出物袋を置き忘れていた。右京と尊（及川光博）は陣川と引き出物袋を取りに行くが、陣川の袋は朝一番に来た女性がプレミアの財布が入っているから、と言って引き取っていた！果たしてその女性は何者なのか？空き巣の目的とは？陣川の些細な出会いが、またも意外な事件へと発展する!?
ゲスト:原田龍二、京野ことみ
相棒Season09 第05話「運命の女性」
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第06話「暴発」
2010年12月1日放送
右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、角田課長（山西惇）率いる組対5課と、薬物を違法に流している二見会の一斉摘発に参加。が、事務所から男の射殺体が発見された。組員たちが殺人について黙秘する中、厚生労働省の麻薬取締部、通称「麻取」の五月女課長（尾美としのり）が、自分たちも内偵していた二見会の送検を手伝わせてほしいと言ってきた。見返りに薬物の入手ルートなど貴重な情報を、という条件に上層部も承諾する。一方、右京らは、薬物を買った人間が検挙の情報を事前に得ていたかのように逃亡したことを知る。さらに麻取が取り調べを行った翌日、突然、組員たちは死んだ男は銃の暴発が原因だった、と口を揃えて証言･･･。右京と尊が暴く薬物売買摘発の裏に隠された衝撃の真実とは？
ゲスト:尾美としのり
相棒Season09 第06話「暴発」
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第07話「9時から10時まで」
2010年12月8日放送
あなたは相棒をリアルタイムで目撃する！？午後９時、たまきと映画に出かけた尊（及川光博）は、帰りに立ち寄ったラウンジのトイレで話し合う2人の男を見かける。席に戻ると、一人（黄川田将也）は美術商らしく高価な景徳鎮の皿を前に商談を行っており、もう一人はそれを離れて見つめている。知り合いなのに、なぜ？尊は骨董マニアを装い、客（阿藤快）の許しを得て商談に割り込んでいく。
そのころ右京（水谷豊）は殺人事件が発生した古美術店に。店主らしい被害者の口からは2000万円もする景徳鎮の皿の納品書が。右京が現場を調べると、次々と奇妙な事実が浮かび上がり…。
景徳鎮の皿をめぐる2つの出来事は一体何を意味するのか？午後９時から１時間、リアルタイムで進む捜査は驚愕の展開へ！ゲスト:黄川田将也、阿藤快
相棒Season09 第07話「9時から10時まで」
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第08話「ボーダーライン」
2010年12月15日放送
崖下から柴田（山本浩司）という男の転落死体が発見された。刃物による傷があることから、何者かに追い詰められて転落した可能性もある。柴田は金もなく、期限切れ間近の保険証と大中小3つの鍵を持っていただけ。
柴田の奇妙な胃の内容物から事件に興味を抱いた右京（水谷豊）は、尊（及川光博）と捜査を開始。今年1月、寮付きの仕事が決まったからとアパートを出た柴田。死ぬまでの11カ月が空白であることがわかる。
大きめの鍵がレンタルコンテナのものであることが判明。柴田はコンテナを借りていたが、中で寝泊まりしていたため、契約を解除されていた。寮付きの仕事が決まっていたはずなのになぜ？やがて小さい鍵が私書箱のものであることが判明。新たな事実が浮かびあがる。
鍵とともに埋められていく空白の11カ月に隠された衝撃の真相とは…!?ゲスト:山本浩司
相棒Season09 第08話「ボーダーライン」
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第09話「予兆」
2010年12月22日放送
2010年夏―。
朝帰りの途中、尊（及川光博）が女性の遺体を発見した。遺体に「妙なものを感じた」という尊に右京（水谷豊）も動き出す。
被害者が警察庁長官官房付き総務課に勤務する絵利子と判明。右京と尊は小野田官房長（岸部一徳）に連絡するがあいにく不在。やはり敵対する警視庁の捜査は拒否…!?
絵利子の所持品から警視庁警務部に勤務する藤崎（志村東吾）の指紋が検出された。昨年、警視総監の田丸（品川徹）を媒酌人に結婚した超エリート藤崎が、警察庁の絵利子と不倫!?右京と尊は藤崎から事情を聞くが…。
さらに右京らの捜査を「面白い」と見守っていた金子警察庁長官（宇津井健）から右京と尊に謎の呼び出しが･･･。背景に見え隠れする警視庁と警察庁の対立･･･。事態は予想外の急展開を見せつつ、やがて発生する衝撃の大事件の“予兆”となっていく…。ゲスト:宇津井健、品川徹、志村東吾、吉田羊
相棒Season09 第09話「予兆」
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第10話「聖戦」
2011年1月1日放送
消費者金融の営業担当・折原が自宅に仕掛けられた爆弾で殺害された。犯人は妻の夏実（白石美帆）と娘の旅行中を狙い、リモコンで爆弾を爆発させたらしい。容疑者として、12年前、折原のバイク事故で息子を失った寿子（南果歩）が浮上。が、夫の病死後、パートをしながら質素に暮らす寿子に爆弾など作れるとは思えない。伊丹（川原和久）らは早々に寿子を容疑者リストから外す。
一方、右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、犯人がリモコンを操作したと思われる現場で割れたビスケットを拾う。右京と尊は寿子の自宅を訪ねるが、お茶菓子に公園で拾ったものと同じビスケットが。さらに散乱する工具を確認し、右京らは寿子が犯人だと確信する。
が、犯行を裏付ける証拠が見つからない…。
やがて折原の大学時代の友人・江上が容疑者として浮上。江上の自宅から爆弾で使用された物質も発見された。
右京と尊の推理は間違っていたのか、それとも寿子が想像以上の知能犯なのか…？ゲスト:南果歩、白石美帆
相棒Season09 第10話元日スペシャル「聖戦」
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第11話「死に過ぎた男」
2011年1月12日放送
6年前、同僚と海に転落、死亡したはずの信川の他殺体が発見された。元妻の彩子（河合美智子）は失踪宣告で多額の保険金を受け取り、シェフである今の夫と再婚。自宅をレストランに改築していた。が、信川が生きていたとなると保険金を返済する必要がある。彩子にも動機があるのだが…。
信川が佐藤という偽名で真紀子（中原果南）と同棲していたことがわかった。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、真紀子の部屋で信用金庫の封筒と千葉の地方紙を発見。千葉で発生した自らの事故のその後を、信川は地方紙を取り寄せて調べていたらしい。
右京と尊は地方紙をチェックし、信川が殺害される3日前に掲載されたある記事に注目する。その記事とは…!?
“2度死んだ男”に隠された秘密とは？ゲスト:中原果南、河合美智子
相棒Season09 第11話「死に過ぎた男」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0011/
第12話「招かれざる客」
2011年1月19日放送
会社の金を横領して逮捕、2週間前に出所したばかりの市田の遺体が発見された。事故死という捜査一課の判断に疑問を抱いた右京（水谷豊）は、市田が持っていた観光ガイドに印があったオーベルジュへ向かう。
客を装った右京の前には税務コンサルタントの赤堀と君代夫妻、桑原と修子夫妻、そして桑原の弟・副島という先客が。さらにもう一人予約客がいるが、到着していないという。
一方、右京の後を追った尊（及川光博）は、市田が勤務していた会社で市田がリゾート開発王・武本の親戚であることをつかむ。武本は7年前に死亡、市田も莫大な遺産を手にしたはずだが…。さらに武本の孫・麻美から遺産について意外な事実を聞かされる。
そのころ右京は武本がオーベルジュの常連客だったことを知る。武本と市田、オーベルジュの間に何が？やがて尊が右京と合流、すべての謎が明らかに!?ゲスト:映美くらら、広岡由里子、山村美智
相棒Season09 第12話「招かれざる客」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0012/
第13話「通報者」
2011年1月26日放送
生け花教師・俊子が絞殺された。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、身分を明らかにしなかった通報者が中学生の祐太（溝口琢矢）であることを突き止める。病気の母親と幼い妹の3人で生活保護を受けながら暮らしている祐太は、面倒なことに巻き込まれたくなかったという。が、右京らはそんな祐太に疑問を抱く。
祐太が俊子と知り合いであることがわかった。本人は俊子を知らないと言っていたが…。尊が問いただすと、祐太は万引きを目撃され俊子に脅されていたという。しかし、その万引きもウソ。なぜ祐太はウソをつくのか？
一方、右京は祐太が通う中学校で盗撮事件があった事実をつかむ。事件発生当時、俊子は華道部の指導で学校に出入りしていた。盗撮事件に祐太が関わっていたのではないか？
俊子殺害事件、盗撮事件と祐太をつなぐものとは？そして、殺人事件の犯人は？ゲスト:溝口琢矢
相棒Season09 第13話「通報者」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0013/
第14話「右京のスーツ」
2011年2月2日放送
銀行支店長の樋村が何者かに殺害された。樋村の自宅を調べた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、殺害されたときに着ていたスーツだけがクラシカルなスタイルであることに着目。そのスーツを仕立てた「古谷洋服店」を訪ねる。樋村を担当したテーラーの真紀（青山倫子）によると、樋村は殺害される直前、店に来ていたというが、真紀も三代目の店主・古谷（小松政夫）もアリバイを主張。右京は真紀にスーツを仕立ててもらうことにするが…。
樋村が真紀に融資を検討していたことがわかった。資料によると、真紀は独立を考えていたようだが、最終的に融資は中止に。2人の間に何があったのか？
やがてデベロッパーの安藤（森次晃嗣）が300億円の融資を樋村の銀行に決めたことが判明。その安藤のスーツを見た右京は…。ゲスト:青山倫子、小松政夫、森次晃嗣
相棒Season09 第14話「右京のスーツ」
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第15話「もがり笛」
2011年2月16日放送
医療刑務所の重病懲役囚の浪岡が殺害された。肝硬変から回復、元の刑務所に戻る矢先の出来事だったが、いったんは認められた仮釈放が取り消され、房で暴れることがあったとか。そんな浪岡をあざ笑うなど、対立していた重病懲役囚の江田（火野正平）に疑惑を抱く右京（水谷豊）と尊（及川光博）。1週間前になって被害者遺族に手紙を書きたいと言い出し、教誨を希望した江田に何があったのか？教戒師の佐野（遠山俊也）によると、ベッドで苦しむ江田を、介護士の洋子（つみきみほ）が何もせず見下ろしているだけ、という騒動があったという。洋子に確認すると、医師を呼ぼうとしたが、江田に制止されたらしい。
末期がんで車いすでしか移動できない江田が犯人なら凶器を用意した共犯者がいるはず。職員を調べた右京と尊は、江田と洋子の意外な関係を知る。2人の間には何が…!?ゲスト:火野正平、つみきみほ、遠山俊也
相棒Season09 第15話「もがり笛」
https://www.tv-asahi.co.jp/aibou_09/story/0015/
第16話「監察対象 杉下右京」
2011年2月23日放送
右京（水谷豊）に対する差出人不明の告発文が監察室に届けられた。出張中の大河内（神保悟志）に代わって、監察官の栞（堀内敬子）が、捜査権のない特命係が捜査に関与している殺人事件について調査を始める。
ネット証券の寵児で、最近では脱税の噂が浮上していた証券会社社長・金谷の遺体が発見された。米沢（六角精児）にかかってきた電話で事件を知った右京は、尊（及川光博）と現場へ。自殺の可能性が高いが、右京らは殺害現場のマンションに疑惑を抱く…。
右京のおかげで他殺の可能性を見出すことができた。米沢は右京を庇うが、栞は職務執行法違反の可能性があると手厳しい。
栞は伊丹（川原和久）、角田（山西惇）、そして尊と聴取を進め、同時に右京の事件解決のプロセスが違法性が高いことへの追求を深めていく。果たして、右京の運命は…！？ゲスト:堀内敬子
相棒Season09 第16話「監察対象 杉下右京」
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第17話「陣川警部補の活躍」
2011年3月2日放送
陣川（原田龍二）が帰宅途中に立ち寄ったコンビニで万引き犯を逮捕。が、その犯人の門馬（中村靖日）が1年前、資産家の北薗（菅野菜保之）邸から500万円などを盗んだ犯人であることがわかった。思わぬ手柄に意気揚々とする陣川。が、窃盗事件を改めて調べた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、なぜ門馬が1年前の事件現場に近いコンビニなどで万引きなどしたのか疑問を抱く。
窃盗事件のショックで脳梗塞に倒れ、今も後遺症に苦しむ夫を抱える摩耶子（霧島れいか）は、奪われた思い出の品オルゴールが帰ってくれば…と胸の内を吐露。その言葉に陣川はオルゴールを取り戻すと宣言してしまう。
そんな中、門馬が盗品を詐欺容疑で逮捕歴のある矢橋（國本鐘建）に売ったことが判明した。右京と尊は陣川と改めて万引き事件を検証。次々と明らかになる不審な点から、右京の推理が事件の意外な真相へと迫っていき…！？。ゲスト:中村靖日、霧島れいか
相棒Season09 第17話「陣川警部補の活躍」
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第18話「亡霊」
2011年3月9日放送
左翼過激派の幹部で70年代、数多くのテロ事件に関与した本多（古谷一行）の死刑が執行された。国外に逃亡していた本多だったが、若いテロリストたちに娘の茉莉（内山理名）を人質にテロ計画への協力を求められると、一昨年密かに帰国。右京（水谷豊）らの活躍もあり、逮捕されると死刑判決を受けていた。
が、獄中の元法務大臣・瀬戸内（津川雅彦）から呼び出された右京（水谷豊）は、本多が生きて釈放されたらしい、と告げられる。
瀬戸内の話は本当なのか？右京は娘の茉莉（内山理名）が本多の遺体を引き取らなかったことに疑問を抱き、尊（及川光博）とともに茉莉の自宅へ。が、茉莉は不在、身元不明の他殺体を発見する。その殺害方法などから右京は本多が茉莉を訪ねてきていたことを確信。瀬戸内の言う通り、本多は釈放されたらしい。やがて、本多釈放に衆議院議員の雛子（木村佳乃）が関与していた疑いが浮上して…。
国民を欺いてまで本多を釈放した理由とは？今は亡き小野田（岸部一徳）までをも巻き込んだ国家の陰謀に右京と尊が迫る！ゲスト:古谷一行、内山理名、津川雅彦、木村佳乃、岸部一徳
相棒Season09 第18話最終回2時間スペシャル「亡霊」
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